Núi Yên Tử ở phía Tây thị xã Uông Bí, tỉnh Quảng Ninh, có đỉnh cao 1068m. Chùa Hoa Yên thường gọi là chùa Cả, tọa lạc trên núi Yên Tử, ở độ cao 516m. Theo tác giả Thích Thông Phương trong sách Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử (NXB Tôn giáo, Hà Nội, 2003), chùa nguyên tên là Vân Yên, do Thiền sư Hiện Quang khai sơn. Sư là đệ tử nối pháp của Thiền sư Thường Chiếu. Kế tiếp Thiền sư Hiện Quang là Quốc sư Trúc Lâm, Quốc sư Đại Đăng, Thiền sư Tiêu Diêu, Thiền sư Huệ Tuệ, Đại đầu đà Trúc Lâm tức Điều Ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông (1299)...
Đại đầu đà Trúc Lâm thuộc thế hệ thứ sáu ở Yên Tử, nhưng đến Ngài, Ngài đã thống nhất các Thiền phái đã có thành một Thiền phái Trúc Lâm nên người đời gọi Ngài là Trúc Lâm đệ nhất tổ. Ngài cho mở chùa Vân Yên to rộng, tả hữu dụng viện Phù Đồ, lầu chuông trống, nhà dưỡng tăng, nhà khách, dưới sườn núi dựng nhà cửa suốt đến xứ Thanh Lương. Tăng đồ khắp nơi đến nghe giảng yếu chỉ Thiền tông rất đông. Chùa Vân Yên trở thành trung tâm Phật giáo thời bấy giờ.
Đến khoảng niên hiệu Hồng Đức (1470-1497), vua Lê Thánh Tông lên thăm chùa, thấy cảnh hoa nở đầy sơn, bèn cho đổi tên là Hoa Yên. Trước chùa Hoa Sen có Huệ Quang Kim tháp xây năm 1310, an táng xá lợi Trần Nhân Tông, và hơn 40 tháp lớn nhỏ khác, đều là tháp cổ đời Trần.
Hệ thống chùa ở Yên Tử hiện nay đang được trùng tu, xây dựng với qui mô lớn: chùa Cầm Thực, chùa Giải Oan, chùa Một Mái, chùa Bảo Sái, chùa Vân Tiêu, chùa Thiên Trúc (chùa Đồng)... Tuyến cáp treo từ chân núi đến gần khu vực tháp Tổ đã hoạt động từ năm 2002.
Thiền viện Trúc Lâm, tức chùa Lân, chùa Long Động, nằm trên đường vào khu danh thắng Yên Tử, cách tỉnh lộ 18 khoảng 10km, thuộc xã Thượng Yên Công, thị xã Uông Bí, tỉnh Quảng Ninh, đã được Hòa thượng Thích Thanh Từ cho khởi công xây dựng lại ngày 15-8-2002 và tổ chức lễ khánh thành ngày 14-12-2002. Đây là nơi trước kia Trần Nhân Tông làm nơi giảng đạo.
Chùa đã được Bộ Văn hóa - Thông tin công nhận là Di tích lịch sử - văn hóa quốc gia.