Năm Mậu Ngọ (1558) Đoàn quốc công Nguyễn Hoàng vâng lệnh vua Lê vào trấn thủ đất Thuận Hóa, ông lập chùa Thiên Mụ (còn gọi là Linh Mụ) vào năm Tân Sửu (1601) trên ngọn đồi Hà Khê, nhìn sang Long Thọ Cương.
Theo truyền thuyết, Nguyễn Hoàng làm vậy vì tuân theo lời chỉ bảo của một vị thần nữ báo mộng “thắp một nén nhang đi đến nơi nào nhang tàn thì lập kinh đô ở đó”. Đóng đô ở Phú Xuân, ông bèn dựng chùa để nhớ ơn bà, vừa để tụ long khí cho nghiệp đế của mình. Trong gần 400 năm lịch sử, ngôi chùa đã gắn liền với biết bao thăng trầm, đổi thay của Triều Nguyễn.
Theo bia khí dựng ở chùa năm ất Mùi (1715) tả lại cảnh chùa Thiên Mụ như sau: Từ ngoài vào có các điện Thiên Vương, Ngọc Hoàng, Đại Hùng, Nhà thuyết pháp và tàng kinh các. Hai bên xây lầu chuông, trống. Kế tiếp là điện Thập Vương, nhà Vân thủy, nhà Tri vị, điện Đại bi, điện Dược sư, tăng liêu, thiền xá... Ở sau chùa là vườn Tỳ da, nhà Phương trượng, vài chục sở...
Chùa Thiên Mụ đạt đến đỉnh cao huy hoàng, được quan tâm trân trọng nhất là vào đời Minh Vương Nguyễn Phước Châu (1691 – 1725), ông là một vị vương rất mộ đạo Phật, có tài thơ, họa. Đến nay, trải qua năm tháng dâu bể những ngôi chùa vẫn còn đó như một biểu tượng của xứ Huế đẹp và thơ. Mỗi khi nhớ đến Hà Nội nghìn năm văn vật, là người ta nghĩ ngay đến chùa Một Cột, đến TPHCM biểu tượng là chợ Bến Thành, thì nói đến Huế không có gì khác hơn là hình ảnh chùa Thiên Mụ.
Gió lay cành trúc la đà
Tiếng chuông Thiên Mụ canh gà Thọ Xương
Người dân xứ Huế không ai là không thuộc hai câu ấy. Có lần thăm Huế, nếu muốn đi viếng chùa Thiên Mụ du khách có thể đi theo đường bộ, qua Kim Long “gái đẹp mĩ miều” Trẫm thương, trẫm nhớ, trẫm liều, trẫm đi... là đến nơi.
Nhưng tuyệt vời nhất vẫn là đi bằng đường thủy. Con thuyền chầm chậm ngược dòng sông Hương, phóng tầm mắt nhìn đồi Long Thọ sau hàng phượng vĩ nở hoa đỏ thắm, quê của GS Tôn Thất Tùng. Hoặc làng Nguyệt Biểu nổi tiếng với dòng họ Thân Trọng, Hoàng Trọng danh sĩ một thời.
Đến bến đỗ, ngước mắt nhìn lên thấy ngọn hữu tháp cao vút như đang trầm tư mặc tưởng. Nước sông đoạn này xanh ngắt, dùng dằng ngừng chảy... lưu luyến với cảnh sắc nên thơ.